Una serie de misteriosas criaturas conocidas como "Zai" aparecen en la ciudad. Para tratar de luchar contra ellas, un grupo de científicos de élite crea un cuerpo especial de combate artificial con forma de adolescentes conocido como "Anima" que, unido a la nave voladora "Daughters", ha de luchar a cara de perro contra seres cuyas debilidades se desconocen. En medio del caos en el que se ha sumido el mundo, Kei Narutani sólo sueña con poder volar algún día, mientras que "Gripen" se considera el único Anima capaz de restablecer la paz que tanto añora la humanidad.
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